Balyoz kod adlı darbe planının altında da ıslak imzası bulunan Dönemin 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan tarafından 1997 yılında Genelkurmay Başkanlığı ile İçişleri Bakanlığı arasında imzalanan EMASYA Protokolü'nün provakatif eylemlerin arttığı 2005 yılında güncellendiği ortaya çıktı. Darbe planlarının kılıfı haline getirilen Emniyet-Asayiş Yardımlaşma Birimleri Protokolü (EMASYA Protokolü) 2005 yılında güncellenmesinin ardından Türkiye, askerleri kent merkezlerine çekmek için tezgahlanan birçok provokatif olayla sarsıldı.
Balyoz Darbe Planında “Sıkıyönetim Komutanı” olarak ıslak imzası bulunan emekli Org. Doğan'ın 2003 yılında İstanbul Süleymaniye Kışlası'nda yaptığı bir konuşmada, “Yapacağımız güvenlik harekatının klasik bir EMASYA harekatı olmayacağını bütün arkadaşlarım burada yaptıkları takdimlerle ortaya koydular” dediği ortaya çıktı. Genelkurmay Başkanlığı tarafından 6 Temmuz 2006 tarihinde “MD: 117-1 TSK Birliklerinin Emniyet, Asayiş ve Yardımlaşma (EMASYA) Görevlerinde Kullanılmasına İlişkin Planlama Direktifi (EMASYA Direktifi)” hazırlanarak, Jandarma dahil Türk Silahlı Kuvvetleri'nin ilgili birlikleri ile Milli Savunma Bakanlığı, İçişleri Bakanlığı, Valilikler, İl Emniyet Müdürlükleri ve sivil makamlara da gönderildi. Cumhurbaşkanlığı seçim tartışmalarının da başladığı aynı yılda önce Mersin'de “Bayrak Provokasyonu” ardından da Trabzon'da “linç girişimleri” yaşandı.
Genelkurmay'ca düzenlenen EMASYA Protokolü'nde, Hakkari İl Jandarma Komutanlığı, EMASYA Tali Bölge Komutanlığı statüsü kazandırılan Hakkari Dağ Komando Tugay Komutanlığı'na bağlandı. Komando Tugayı'nın bir üstü ise EMASYA Bölge Komutanlığı olan Van Asayiş Kolordu Komutanlığı oldu. Bu direktiflerin ardından Van ve Hakkari bölgesinde onlarca patlama meydana geldi. Bölgede Hakkari ve Şemdin'li de ağırlıklı olmak üzere ardı ardına 18 patlama olayı, halkı kışkırtan provokatif bildirilerin dağıtılması, rütbeli askerlerin şehit olduğu operasyonların yapılması gibi birçok olay meydana geldi. Jitem bağlantısı ortaya çıkan ve halen yargılaması devam eden Van Valisi Hikmet Tan'a yönelik suikast girişimi de değişiklikten sonraki süreçte yaşandı. 2005 yılında Hakkari'de gerçekleştirilen 125 askeri operasyon için valilikten 1 kez izin talep edildiği belirtildi.
2006 yılında aralarında Ankara, İzmir, Konya gibi büyük şehirlerin de bulunduğu yaklaşık 40 ilde, valilerin jandarmaya şehir merkezlerinde de arama, baskın, kontrol, takip etme ve operasyon yapabilmek için yetki belgesi verdiği belirlendi. 2006 yılı Mart ayında Bingöl'deki operasyonda öldürülen 14 PKK'lının cenazeleri ilk kez toplu halde Diyarbakır'a getirildi. Bu olay üzerine Güneydoğu Anadolu Bölgesi karıştı. Diyarbakır, Mardin ve Van'da 7 kişinin öldüğü birçok tutuklanmaların yapıldığı güçlükle bastırılan gösteriler yapıldı. Ergenekon bağlantısı olduğu mahkemece tespit edilen Danıştay saldırısı da yine 2006 yılında meydana geldi. Termos Bombası olayında Diyarbakır'da 11 kişi hayatını kaybetmişti. İstanbul, Konya, Balıkesir, Ayvalık gibi pekçok yerde linç girişimleri meydana geldi. Jandarma, görev sahasında bulunmamasına rağmen Mart 2009'da Ankara Keçiören'de bir eve operasyon düzenlemişti.
7 Temmuz 1997'de Genelkurmay Başkanlığı ile İçişleri Bakanlığı arasında, 5442 Sayılı İl İdaresi Kanunu'nun 11/D maddesinin uygulanmasına ilişkin olarak toplam 27 maddeden oluşan EMASYA Protokolü'yle “toplumsal hareketler” karşısında yerel mülki idare amirinin çağrısı ve kararını beklemeden askeri birliklerin harekete geçmesi öngörülüyor. Böyle bir durumda garnizon komutanı mülki idare amirinin güvenlikle ilgili yetkilerini fiilen devralıyor.
Polis Akademisi Öğretim Üyesi ve araştırmacı yazar Prof. Dr. Önder Aytaç, jandarmanın adli, idari ve askeri görevlerinin bulunduğunu ancak kesinlikle siyasi bir görevinin bulunmadığını vurgulayarak, EMASYA Protokolü'nün kanunlara aykırı olduğunu söyledi. EMASYA'nın 28 Şubat sürecinde ortaya çıktığını belirten Aytaç şunları kaydetti: “Polisin adli, idari ve siyasi görevleri vardır. Jandarmanın ise adli, idari ve askeri görevleri vardır. EMASYA Protokolü ile jandarma örtülü ödeneklerle arşivleme, istihbarat toplama gibi siyasi faaliyetler yürütmektedir. Halbuki bu yetki polisindir. EMASYA Protokolü ile jandarma siyasallaşmaktadır. Bu kanunlara aykırıdır” dedi. Kırsalda görev yapacak kır polisi ve sınırlarda görev yapacak sınır polisi sistemenin geliştirilmesi gerektiğini belirten Aytaç, “Türkiye nüfusunun yüzde 72'si polis, yüzde 28'i jandarma görev alanındadır. Yüzölçümü olarak ise yüzde 91'i jandarma, yüzde 9'u polis görev alanındadır. Bu durumda ABD, AB ve gelişmiş ülkelerde sınırlarda dahi asker değil sınır polisleri vardır. Belçika'da jandarma kır polisine dönüştürülmüştür. Bu durumda amatör askeri birliklerle değil, profesyonel polis gücüyle kırsal ve sınır güvenliği sağlanmalıdır” dedi.
Susurluk Araştırma Komisyonu Başkanı Mehmet Elkatmış, EMASYA Protokolü'nden kamuoyunun ilk kez “Şemdinli Olayları” ile haberinin olduğunu belirterek, “EMASYA ile askere kendi görev ve sorumluluk bölgesi dışında birçok alanda istihbari çalışma ve operasyon yapma yetkisi verildi. Yerel yöneticilerin yani valinin, kaymakamın, emniyet müdürünün bilgisi olmadan çalışma yürütülebiliyor. Türkiye'de gerçekten de demokrasinin oturmasını istiyorsak; askerin 'Darbe bizim görevimizdir' yetkisini aldığı İç Hizmet Kanunu'nun 35. maddesinin mutlak suretle kaldırılması, EMASYA Protokolü'nün İçişleri Bakanlığı'nca vakit kaybetmeksizin tek taraflı olarak iptal edilmesi ve askeri konular dışında sivil denetimin uygulanması gerekir” şeklinde konuştu.
EMASYA Protokolü'nü 2007 yılında İçişleri Bakanı Müsteşarı olarak imzalayan Teoman Ünüsan, protokolün uygulanmasında, “Amacı aşan bir uygulama”nın olması durumunda İçişleri Bakanlığı'nın bir yazısıyla değişiklik yapılabileceğine dikkat çekti. Protokolün keyfi bir uygulama olmadığını öne süren Ünüsan, “28 Şubat'ta susan, sivil iradenin ve demokrasinin arkasında durmayan, bu gün de yine halkın seçtiği hükümete sahip çıkmayan ve demokrasinin arkasında durmayan sivillerin sorgulanması gerekir” dedi.
Çetin Doğan cuntası, darbeye direnebilecek 200 bin kişiyi Şükrü Saraçoğlu ve Burhan Felek statları ile Ümraniye Netaş tesislerine doldurmayı planlamış. Planın 3. safhasında geçmişte irticai yıkıcı bölücü faaliyetlere karıştıkları ileri sürülen kişileri göz altına almayı hedefliyorlardı. Gözaltına alınan ve tutuklananlar başlangıçta Üsküdar bölgesinde Burhan Felek Spor Tesisleri'nde Ümraniye'de NETAŞ misafirhanesinde, Kadıköy'de Fenerbahçe Stadyumu'nda toplanması planlanmış. Gözaltına alınan 200 bin kişi Ümraniye Cezaevi'ne götürülerek jandarma ve polis sorgulama timleri vasıtasıyla sorgulanması planlandı.
