Paralel yapının basın organları, emniyet ve yargıda yapılan paralel temizliğin ardından 25 Aralık soruşturmasıyla ilgili suç delilerinin ortadan kaybolduğunu ileri sürmüştü. Gerçek çok geçmeden ortaya çıktı. 25 Aralık soruşturmasıyla ilgili emniyet sistemi ve arşivlerinde bulunan tüm belgelerin soruşturmayı yürüten polislerce çalındığı resmi yazışmalarla belgelendi. 17 Aralık'ta tüm bilgilerin sistemde olduğu belirlenirken, 8 Ocak'ta bir resmi yazışmayla tüm belgelerin buharlaştığı ortaya çıktı.
Hükümeti hedef alan 25 Aralık darbe soruşturmasında, dosyaya bakan özel yetkili Savcı Muammer Akkaş'ın 17 Aralık 2013'te İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne bir yazı yazarak soruşturma şüphelilerine uygulanan teknik takibin sona erdirilmesini ve dinleme kayıtlarının imha edilmesini istediği belirlendi. 138 telefon hattı ile bazı e-posta ve FTP adreslerine yönelik uygulanan takibin sona erdirilmesi talimatı veren Akkaş, suç unsuru bulunmayan kayıtların imha işlemlerinin yapılmasını istedi.
Aynı gün İstanbul Mali Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Yakup Saygılı hem Kaçakçılık ve Organize Şube hem de Teknik Takip ve İzleme Şube Müdürlüğü'ne bir talimat yazısı yazarak, 138 ayrı telefon numarasının iletişimin tespiti, dinlenmesi, kayda alınması ve sinyal bilgilerinin değerlendirilmesi ile GPRS, WAP, MMS, EDGE verilerinin izlenmesinin son bulmasına dair alınan kararı iletti. Yazının ekinde, imha işleminin yapılacağı tüm telefonların bilgisi yer aldı. Yeni Şafak'ın ulaştığı belgeler, paralel yapılanmanın emniyet bilgisayarlarında tahrifat yapmadan önce sistemde kayıtların tümünün yeraldığını ortaya koydu.
25 Aralık sürecinde emniyet ve yargıda paralel yapılanmaya bağlı personele yönelik başlatılan tasfiye harekatıyla görev yerleri değiştirilen polisler, suç unsuru içerdiği iddia edilen konuşmaları ve özel hayatı ilgilendiren görüşmeleri harici belleklere kopyalayarak bilgisayarları geri dönüştürülemez bir şekilde formatladı. Gizliliği bulunan resmi belgeler ise emniyet dışına çıkarıldı. Müfettiş raporlarına da yansıyan formatlama işlemi İstanbul Emniyeti'nin resmi yazışmalarına da yansıdı.
Kayıtların emniyette bulunamaması üzerine yapılan inceleme, paralel şebekenin emniyetteki belge ve bilgileri buharlaştırdığını ortaya koydu. İstanbul Emniyeti Teknik Takip ve İzleme Büro Amirliği'nden İdari Büro'ya yazılan bir yazıda, 25 Aralık'a ait '2012/656' soruşturma numarası kapsamında kendilerine bir talimat yazısı geldiği belirtilerek şu ifadeler kullanıldı: 'Konu ile ilgili olarak yapılan dosya tetkikinde, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın 2012/656 soruşturma sayılı evrakı ile ilgili Büro Amirliğimiz arşivinde herhangi bir belge ve dosya bulunulamamıştır.' Ancak 17 Aralık tarihli ve ıslak imzalı emniyet yazışmasında belgelerin tümünün emniyet arşivinde yeraldığı açık bir şekilde belirtiliyor. Resmi belgeler, örgütün İstanbul Emniyeti'nde yaptığı casusluğu da deşifre etmiş oldu.
Hükümet darbesini hedef alan 25 Aralık soruşturmasında Savcı Muammer Akkaş, dinlenen numaralarla ilgili teknik takibin sona ermesi ve kayıtların imha edilmesini resmi yazıyla istedi. 17 Aralık günü istenen imha işlemi aynı gün emniyete ulaştı. Talimat dönemin Mali Suçlarla Mücadele Şube Müdürü'nün imzasıyla dosyaya girdi. Yazıda tüm şüpheli telefonlarının da yeraldığı ve kayıtların emniyet sisteminde bulunduğu açıkça görülüyor. Ancak paralel yapılanmaya mensup polisler kanunun gerektirdiğini yapmak yerine tüm belgeleri harici belleklere kopyaladı ve emniyet bilgisayarlarını da geri dönüştürülemez bir biçimde formatladı. Skandal, emniyet içinde yapılan incelemeyle ortaya çıktı. Teknik Takip Bürosu'ndan İdari Büro Amirliği'ne gönderilen 8 Ocak 2014 tarihli belgede, emniyet arşivinde 25 Aralık soruşturmasına ilişkin hiçbir belgenin bulunmadığı belirtildi.
