Faili meçhul cinayetlerle anılan Jandarma İstihbarat Teşkilatı'nın (JİTEM) var olup olmadığı tartışması yeniden alevlendi. Genelkurmay Başkanlığı'nın ardından Jandarma Genel Komutanlığı da mahkemeye gönderdiği yazıda JİTEM'in varlığını inkar etti. Ergenekon sanığı emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün iddianameye giren ifadesinde “Ben kurdum” dediği, yine Ergenekon sanığı emekli Albay Arif Doğan'ın varlığını kabul ettiği JİTEM'le ilgili 2 açıklama, soru işaretlerine neden oldu.
Aralarında terör örgütü PKK itirafçılarının da bulunduğu 11 sanıklı JİTEM davasına, Diyarbakır 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde devam edildi. Mahkeme, Jandarma Genel Komutanlığı'na 'JİTEM adlı bir birimin olup olmadığı' yazısına gönderilen cevabı açıkladı. Gelen cevapta, “Jandarma, kuruluş ve kadrolarında JİTEM adı altında bir birimin bulunmadığı, geçmişte de oluşturulmadığı” belirtildi.
Adli Müşavir Hakim Kıdemli Albay Gazi Koçer imzasıyla gelen cevapta, Kasım 1988'de istihbarat hizmetlerini daha iyi seviyeye çıkartmak için Jandarma İstihbarat Grup Komutanlığı isminin 'Jandarma İstihbarat ve Terörle Mücadele Grup Komutanlığı', bünyesindeki İstihbarat Tim Komutanlığı'nın ise 'Jandarma İstihbarat ve Terörle Mücadele Birlik Komutanlığı' olarak değiştirildiği belirtildi. Yazıda “Teklif geçici görev kuruluşuyla ve deneme mahiyetinde bir süre uygulanmıştır” denilerek Mart 1990'da önceki yapıya devam edildiği kaydedildi.
Yazıda, JİTEM isminin bir süre daha bölgede bazı vatandaşlar ile bir kısım devlet görevlileri tarafından kullanılmasının, tamamen bilgisizlikten veya jandarma ile ilgili olmayan kötü niyetli bir kısım çevrelerin yaklaşımından kaynaklandığı ileri sürüldü. JİTEM tabirinin Jandarma'nın konuyu bilmeyen bazı alt kademelerinde de kullanıldığı 1994 yılında 'JİTEM', 1997 yılında da 'JİT' tabirinin kullanılmaması için birliklerin uyarıldığı vurgulandı. Mahkeme, “cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak”, “birden fazla kişiyi öldürmek” suçlarından açılan davayı “silahlı örgüt kurmak” kapsamında değerlendirerek yetkisizlik kararı verdi. Mahkeme, dosyayı Diyarbakır Özel Yetkili Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderdi.
Mahkemeye Maliye Bakanlığı'ndan gönderilen yazıda da, JİTEM adı altında bir harcama görülmediği belirtildi. Bu arada, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, istenilen JİTEM konulu dokümanları CD olarak gönderdi. TCK'nın 313. ve 450. maddeleri uyarınca 9 sanık hakkında müebbet, 2 sanık hakkında da 15 yıla kadar hapis cezası isteniyor.
Ergenekon davası sanıklarından emekli Albay Arif Doğan, teşkilatın varlığını itiraf etmişti. Albay Doğan “Ben bunun kurucusuyum. Yasalara uygun olarak terörle mücadele ettik” demişti. JİTEM'in deneme amaçlı kurulduğunu da belirten Doğan, JİTEM'in, komutanların bilgisi doğrultusunda OHAL bölgesinde faaliyet gösterdiğini söylemişti.
JİTEM'in varlığını doğrulayan en önemli kanıtlardan biri de Eskişehir Emniyet Müdürü Hanefi Avcı'nın ifadeleri oldu. Avcı, Ergenekon sanığı emekli Albay Arif Doğan, emekli Tuğgeneral Veli Küçük, Binbaşı Cem Ersever gibi isimlerle birlikte 'kod adlar' kullanan birçok kişinin bu karargahta görev yaptığını belirterek, “Toplantılara JİTEM görevlisi olarak katılırlardı. JİTEM adına yasadışı faaliyetler, yapanların üstlerinin bilgisi olmadan gerçekleşemez” demişti.