Ergenekon davasının ikinci iddianamesinde yakın geçmiş tarihimizdeki karanlık noktalara da değinildi. Ankara Ticaret Odası (ATO) Başkanı Sinan Aygün'ün bilgisayarında ele geçirilen dokümana göre, 1994 yılındaki yaşanan ekonomik krizden, dönemin Başbakanı Tansu Çiller, devlette etkin görevlerde bulunan İki 'Mehmet'in tavsiyesiyle uyuşturucu sevkiyatına 'olur' verdi. 10 günde ülkeye giren 20 milyar dolarlık narkopara ile de kriz dalgası aşıldı.
Ankara Ticaret Odası Başkanı Sinan Aygün'ün evindeki bilgisayarda elde edilen bir doküman, Ergenekon davasının ek iddianamesine girdi. Aygün'ün bilgisayarındaki kayıtlara göre, iki Mehmet'in yönlendirmesiyle Türkiye, uyuşturucu parasıyla ilgilen-meye başladı. 1994 yılında dönemin Başbakanı olan Tansu Çiller'e, devlette etkin bir görevde bulunan Mehmet ....'ın 'Uyuşturucu sevkiyatına göz yumalım' diye telkinde bulunduğu belirtildi.
Dokümanda 1994 yılında yaşanan ekonomik krizin Afganistan ve İran eroininden gelen parayla atlatıldığı öne sürüldü. Uluslararası uyuşturucu baronlarına ait eroinin Türkiye'den geçişiyle en az 20 milyar doların ülkeye girdiği ve buradan kalan paranın dış kaynağa ihtiyaç duyulmadan krizin finansmanını sağladığı ve dalganın 10 gün gibi kısa sürede önlendiği belirtildi.
İddianamede bu konuda şu ifadelere de yer verildi: 'Bu işte piyon olarak Mehmet ....... tarafından Ömer Lütfi Topal'ın kullanıldığı da iddialar arasında. Ömer Lütfi Topal ise bu bağlantıları ortağı olan Sami Hoştan vasıtası ile sağladı. Sami Hoştan da Jandarmada JİTEM'i kuran, MHP sempatizanı, kafasına eseni yapan, Kocaeli Alay Komutanı Veli Küçük'ün adamı.'
Sinan Aygün'ün bilgiyasarında ele geçirilen dokümanda, bugüne kadar 'kaza mı, suikast mı' sorusu aydınlatamayan Susurluk Kazası'na ilişkin ilginç iddialar çıktı. Bu belgede, "Veli Küçük ile Mehmet ........ün arası gayet iyi. Bu ekip Sami Hoştan'ı kullanarak Sedat Bucak ve Abdullah Çatlı'nın öldürülmesi için düğmeye bastı. Mehmet .......'ün Veli Küçük ile teşkilat dışı eylemler yaptığı için MİT Kontrterör Daire Başkanı iken ABD' ye gönderildiği, Susurluk kazasının arkasında da bu isimlerin olduğu" ifadeleri yer aldı.
