Türkiye'nin ekonomik ve siyasi kriz yaşadığı dönemlerde yaptığı çıkışlarla krizleri derinleştiren TÜSİAD, paralel devletin oluşturmak istediği krizde de aynı tutumu sergiledi. 'Paralel devlet'in 17 Aralık operasyonu ile Başbakan Tayyip Erdoğan olmak üzere hükümeti hedef almasıyla başlayan süreç, en çok ekonomiyi etkiledi. Yolsuzluk ve rüşvet adı altında başlatılan, ardından da MİT'in yardım TIR'larına yönelik ihbarlarla Türkiye'nin uluslararası imajını zedelemek isteyen paralel yapı, en çok Türkiye'nin ekonomisine darbe vurmayı hedefledi.
Türkiye'de yaşanan çalkantılı dönemde her zaman seçilmişlerin karşısında oluşan yapıda yer alan TÜSİAD, paralel devletin çıkartmaya çalıştığı krizde de yine seçilmişlerin karşısında saf tuttu. Ülkenin, başta ekonomisi olmak üzere tüm kurumlarının paralel devletin saldırısı altında olduğu bu dönemde TÜSİAD Başkanı Muharrem Yılmaz, hükümetin vesayetçi saldırıları bertaraf etmek için attığı adımları eleştirerek 'Böyle ülkeye küresel sermaye gelmez' dedi ve şimşekleri bir kez daha 'adı ara dönemlerle anılan' derneğin üzerine çekti. Başbakan Erdoğan ise TÜSİAD Başkanı'nın bu açıklamasına 'Böyle ülkeye sermaye gelmez demek ihanettir' diyerek tepki gösterdi.
TÜSİAD, kurulduğu tarihten beri seçilmiş iktidarlar üzerinde baskın güç oluşturdu. 1979 yılında verdiği pahalı ilanlarla Bülent Ecevit hükümetinin düşmesini sağlayan dernek, dört farklı ilanı 4 milyon 628 bin lira bedel ödeyerek, yedi gazete ve bir de haftalık dergide 13 Mayıs 1979 ile 13 Haziran 1979 arasında 24 defa yayımlatmıştı. Dönemin Başbakanı Ecevit, 7 Ocak 1994'te bir televizyon programında, 'Türkiye'den Rusya'yı gözetlemek için ABD casus uçaklarının havalanmasına müsaade etmediğinden dolayı Amerikalıların kendine kızdığını, dönemin güçlü adamı Brezinski'nin Washington'da TÜSİAD'a gazete ilanları yoluyla Ecevit'i düşürme talimatı verdiği şeklinde duyumlar aldığını' söylemişti.
Abdullah Gül'ün cumhurbaşkanı seçilmesi öncesi ortaya çıkan '367' garabetine destek veren, AK Parti'ye kapatılma davası açıldığı günlerde hep sessiz kalan TÜSİAD, o dönem Arzuhan Doğan Yalçındağ'ın şu sözleriyle Genelkurmay'ın 27 Nisan e-muhtırasına da desteğini sunmaktan çekinmemişti: 'AKP toplumda gitgide artan ve TÜSİAD'ın da paylaştığı laik rejimi koruma kaygısını yeterince dikkate almıyor. Genelkurmay Başkanlığı'nın açıklamasıyla yaratılan fiili durum demokratik teamüllere uygun değil. Laikliği ve demokrasiyi korumak için bir an önce genel seçimlere gidilmeli...'
2008 yılında başgösteren ve başta ABD olmak üzere birçok gelişmiş ülkeyi etkileyen küresel ekonomik krizi bahane eden TÜSİAD, IMF ile yeni bir anlaşmaya yaklaşmayan AK Parti hükümetine baskı kurdu. TÜSİAD, küresel krizin etkisini azaltacağı gerekçesiyle sürekli olarak 'Uluslararası Para Fonu (IMF) ile acil anlaşma yapılsın' çağrılarında bulunarak hükümete '35 milyar dolar borç alması' yönünde baskı yapmıştı.
Türkiye'nin kalkınmasında büyük rolü olan merhum 8. Cumhurbaşkanı Turgut Özal ile de TÜSİAD'ın yıldızı hiç barışmadı. Özal'ın 1980'li yıllarda Türkiye ekonomisini küresel rekabete açmasına, Türk parasının konvertibl olmasına, renkli TV'ye, KDV'ye, Özal'ın AB'ye başvurmasına, Gümrük Birliği'ne karşı çıkan TÜSİAD, 'batarız' diye feveran ederek serbest piyasa ekonomisine de karşı çıkmıştı. Özal, 'Yalılarınızı satarak sermaye yapın' sözleriyle TÜSİAD'cıların eleştilerine tepki göstermişti. 1997 yılında Tansu Çiller'in de imzasının yeraldığı 'Dış Borçlar, Tahmin ve Analiz' başlıklı raporu yayımlayan TÜSİAD, Özal'ın ekonomi politikalarına karşı tutumunu sürdürmüştü. Hatta raporda eleştiri dozu öylesine abartılmıştı ki Türkiye, kredi itibarı bakımından iç savaş içindeki Amerika ülkesi Nikaragua'ya benzetilmişti.
TÜSİAD'ın en net destek verdiği darbe şüphesiz 28 Şubat post-modern darbesi olmuştu. Daha seçimler öncesi Refah Partisi'ne karşı kampanya başlatan TÜSİAD, seçimlerden sonra RP'siz hükümet için tüm imkanlarını seferber etti. Siyasete girmesinde TÜSİAD'ın büyük emeği olduğu Tansu Çiller'in RP ile koalisyon kurmasına tepki gösteren dernek, Çiller'in koalisyondan ayrılması için itibarsızlaştırma operasyonu yaptı. 28 Şubat döneminde TÜSİAD Başkanı olan Muharrem Kayhan'ın şu sözleri TÜSİAD'ın darbeye en açık desteğinin göstergesi oldu:
'Genelkurmay'la diyalog içindeyiz. Orgeneral Çevik Bir'le yemekte buluştuk. Onlara brifing verdik. Hükümet çekilmeli, irtica bir tehdittir. Bu Meclis'ten Refah-Yol'a alternatif hükümet çıkar.' Aynı TÜSİAD, 2000 ve 2001 krizlerinde de rol alacak ve Başbakan Bülent Ecevit'i, sağlık durumunu bahane ederek etkisizleştirmeye çalışacaktı.
